艾拉唑肠溶片是临床上不良反应少的药物。也正是因为如此，这种药物的使用才变得更加广泛，也是医学上常用的治疗药物之一。部分患者服用此药后会出现皮疹和腰痛。如果出现这些不良反应，应停止服用，不得加重病情。
国内临床试验共有507名受试者使用本品，发现不良反应的把握度为85%，发生率为1/250。常见不良反应（发生率大于 1%，小于 10%）包括腹泻（2.41%）、头晕和头痛（2.41%）和血清转氨酶（ALT/AST）升高（1.81%）
罕见的不良反应（发生率大于 0.1%，小于 1%）包括皮疹、荨麻疹、腰痛、腹胀、口干和苦味、胸闷、心悸、月经延长、肾功能异常（蛋白尿、BUN 升高） 、心电图异常（室性早搏、Ⅰ度房室传导阻滞）、白细胞减少等。上述不良反应通常为轻至中度，可自行恢复。本品III期临床试验对象的疗程已完成4周，尚未获得长期使用的安全性数据。
1、由于艾普拉唑抑制胃酸分泌，可影响依赖胃酸吸收的药物（如酮康唑、伊曲康唑等）的生物利用度。
2、体外试验和代谢研究结果提示肝脏CYP3A4酶参与本品的代谢，但CYP3A4酶是否为本品的主要代谢酶尚不确定。国外研究结果显示，24名健康受试者服用艾普拉唑40mg/次，每天1次，连续5天，使CYP3A4酶的特异性底物咪达唑仑血浆浓度增加31-41%。提示艾普拉唑是CYP3A4酶的弱抑制剂，推测对CYP2C19酶代谢的药物（如地西泮、西酞普兰、丙咪嗪、苯妥英、氯米帕明等）的代谢影响不大。
尚无确切数据说明本品是否经肝脏CYP2C19酶代谢，但现有临床试验数据提示CYP2C19酶在人体内的基因多态性不影响本品的疗效。
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