益生元是一种营养品，不是药物，所以很多人喜欢吃益生元，对身体也会有一定的好处，但是不能长期服用，可能会有一些轻微的副作用，尤其是小孩子的时候吃，要特别注意。他们大多在饭后服用益生元，可以缓解便秘。
1. 缓解便秘
这种效果以及膳食纤维的效果已被证实。许多益生元是在大肠中发酵的碳水化合物。通过发酵产生肠道气体来增加肠道的体积，并缩短食糜在肠道中的停留时间。在一定程度上有助于缓解便秘的发生。
2. 降低肠道pH
这种效应是由于从头代谢从蛋白质发酵（氨生产，高 pH 值）转变为更多的碳水化合物发酵（酸生产）。一些肠道疾病，如节段性肠炎和 IBS（急性肠综合征）以肠道 pH 值升高为特征。因此，降低 pH 值会减少（而不是治愈）这些疾病的发生。这对病人有好处。
3. 调节细菌平衡
在受到抗生素、腹泻、压力或其他药物（非抗生素）干扰后，益生元可以帮助恢复肠道细菌平衡。通过选择性刺激特定菌群来恢复平衡。可能发生在许多不同的细菌群中。这种刺激可以是直接的（选定的细菌在益生元上生长）或间接的（一些细菌释放有利于其他细菌生长的物质）
在这种情况下，选择性刺激和新陈代谢的变化都起作用。
4. 影响血脂浓度
声称对某些单糖有益，但次要作用尚未得到证实。
5. 预防肠癌
这种效果未经证实。但有许多迹象表明，许多蛋白质发酵产物会增加患结直肠癌的风险。因此减少蛋白质发酵可以降低风险。而碳水化合物发酵产物可能会降低患直肠癌的可能性。
同样，最好的降低风险的效果是通过改变新陈代谢而不是某些类型的细菌来获得的。
六、增强免疫力
益生元本身对免疫系统没有影响。但它可能通过改变肠道菌群来影响免疫系统。这种刺激可能是有益的，也可能不是，有益的效果是激活免疫系统对抗病原菌。不良影响是指由于刺激可能引起的过敏反应。
七、婴儿保健
四岁以下儿童的肠道菌落非常不稳定。许多口腔病原体会干扰微生物菌落。稳定菌落的物质可以被认为是益生元。几项研究指出，一些商业单糖可以改变菌落并降低 pH 值并具有稳定作用。
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